Prowadzony w cyklach: 2021/22_L, 2022/23_L, 2023/24_L, 2024/25_L

Kod Erasmus: 13.1

Punkty ECTS: brak danych

Język: polski

Organizowany przez: Wydział Biologii i Nauk o Środowisku

Biologia molekularna roślin WB-BI-EOP-09lab

Kurs zajęć z przedmiotu „Biologia molekularna roślin” obejmuje wykłady i ćwiczenia. Podczas ćwiczeń, studenci zastosują różne algorytmy konwersji, dopasowania i porównania sekwencji nukleotydów i aminokwasów, skonstruują drzewa filogenetyczne oraz poznają metody obliczeniowe podobieństwa genetycznego sekwencji DNA i białek badanych gatunków roślin za pomocą ogólnodostępnych programów.

W cyklu 2021/22_L:

Wykonywane są ćwiczenia z zakresu:
1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.
2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.
3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.
4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA X.
5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA X.
6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

W cyklu 2022/23_L:

Ćwiczenia obejmują:
1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.
2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.
3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.
4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA X.
5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA X.
6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

W cyklu 2023/24_L:

Ćwiczenia obejmują następujące zagadnienia badawcze:
1. Podstawowe pojęcia stosowane w biologii molekularnej: UTR, promotor, gen, terminator, różnice między DNA, cDNA, RNA i białkiem, identyfikacja sekwencji sygnałowych, poznanie baz danych genów dla Arabidopsis.
2. Analiza sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych: annealing, podobieństwo genetyczne, analiza homologów, heterologów i paralogów.
3. Analiza sekwencji, funkcji, lokalizacji i struktury białek za pomocą dwóch baz danych dla roślin: ARAPORT i BAR ePlant.
4. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w MEGA 11.
5. Poszukiwanie sekwencji, konstrukcja dendrogramów podobieństwa genetycznego, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w MEGA 11.
6. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji aminokwasowych metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.
7. Filogeneza, konstrukcja dendrogramów, bootstrapping i prawdopodobieństwo zgrupowania dla sekwencji DNA metodą algorytmiczną w NCBI-BLAST.

W cyklu 2024/25_L:

Dyscyplina naukowa, do której odnoszą się efekty uczenia się

nauki biologiczne

E-Learning

W cyklu 2022/23_L:

E-Learning

W cyklu 2024/25_L:

E-Learning

W cyklu 2023/24_L:

E-Learning

W cyklu 2019/20_L:

E-Learning z podziałem na grupy

W cyklu 2020/21_L:

E-Learning

Grupa przedmiotów ogólnouczenianych

nie dotyczy

Opis nakładu pracy studenta w ECTS

W cyklu 2022/23_L:

Wykłady: 30h – bezpośredni udział w wykładach 20h – przygotowanie do egzaminu 10h – konsultacje Razem: 60h [60/30=2 ECTS] Ćwiczenia: 30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach 10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń 15h – przygotowanie do kolokwium 5h – konsultacje Razem: 60h [60/30=2 ECTS]

W cyklu 2023/24_L:

30h – bezpośredni udział w wykładach 20h – przygotowanie do egzaminu 10h – konsultacje Razem: 60h [60/30=2 ECTS] Ćwiczenia: 30 h – bezpośredni udział w ćwiczeniach 10h – przygotowanie i przedstawienie wyników obliczeń 15h – przygotowanie do kolokwium 5h – konsultacje Razem: 60h [60/30=2 ECTS]

W cyklu 2024/25_L:

Poziom przedmiotu

średnio-zaawansowany

Symbol/Symbole kierunkowe efektów uczenia się

BI1_U02, BI1_U09, BI1_K01

Typ przedmiotu

fakultatywny dowolnego wyboru

Wymagania wstępne

Podstawy z biologii molekularnej i genetyki na poziomie trzeciego roku studiów Biologii lub pokrewnych.

Koordynatorzy przedmiotu

Justyna Nowakowska

Efekty kształcenia

Przedmiotowe efekty uczenia się przypisane do ćwiczeń (4-6)
Efekty przedmiotowe w zakresie umiejętności:
Efekt przedmiotowy 4: Absolwent potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim; czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim
Efekt przedmiotowy 5: Absolwent potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Efekty przedmiotowe w zakresie kompetencji społecznych:
Efekt przedmiotowy 6: Absolwent jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.

Kryteria oceniania

Ocena z wykładów:
Egzamin testowy, obejmujący materiał z wykładów. Ocena końcowa może być średnią z dwóch ocen z kolokwiów cząstkowych, przeprowadzanych w trakcie trwania kursu.
Egzamin testowy złożony jest z pytań zamkniętych wielokrotnego wyboru oraz pytań typu „prawda/fałsz”.
Warunkiem dopuszczenia do egzaminu końcowego zaliczenie ćwiczeń.

Ocena końcowa:
94 - 100% bardzo dobry (5.0)
88 - 93% dobry plus (4.5)
80 - 87% dobry (4)
70 - 79% dostateczny plus (3.5)
60 - 69% dostateczny (3)
poniżej 59,9% niedostateczny (2)
Za aktywną obecność na wykładach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Ocena z ćwiczeń:
Ocena z ćwiczeń składa się ze średniej z powstałej z dwóch komponentów: 1) średniej oceny podstawie ocen cząstkowych otrzymywanych w trakcie trwania semestru z kolokwiów i aktywności na zajęciach, oraz 2) oceny z kolokwium końcowego. Ćwiczenia są zaliczane, jeśli student: (i) czynnie uczestniczył w co najmniej 85% zajęć; (ii) pracował na zajęciach w sposób pozwalający pozytywnie ocenić umiejętności i kompetencje społeczne uzyskane w toku zajęć (opisane w sylabusie jako przedmiotowe efekty kształcenia 4-6).

Zakres ocen z zadań i kolokwium końcowego:
94 - 100% bardzo dobry (5.0)
88 - 93% dobry plus (4.5)
80 - 87% dobry (4)
70 - 79% dostateczny plus (3.5)
60 - 69% dostateczny (3)
poniżej 59,9% niedostateczny (2)

Za aktywną obecność na zajęciach, możliwe jest podniesienie końcowej oceny na wyższą w przypadku, gdy wartość procentowa uzyskana dla średniej z ocen, lub z punktów, wynosi odpowiednio: 58-59% (na ocenę 3); 67-69% (na ocenę 3,5); 77-79% (na ocenę 4); 86-87% (na ocenę 4,5) i 92-93% (na ocenę 5).

Umiejętności:
na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie potrafi właściwie dobrać źródeł w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, wcale rozumie literatury z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i nie czyta ze zrozumieniem tekstów naukowych w języku angielskim; wcale nie potrafi planować i organizować pracy indywidualnej ani współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także nie potrafi wykonać zadań badawczych zleconych przez prowadzącego
na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, na poziomie podstawowym rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; na poziomie podstawowym potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także wykonać zadania badawcze zlecone przez prowadzącego
na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego
na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie potrafi właściwie dobrać źródła w oparciu o internetowe bazy danych z zakresu biochemii, genetyki i proteomiki, bardzo dobrze rozumie literaturę z zakresu biologii molekularnej roślin w języku polskim i czyta ze zrozumieniem teksty naukowe w języku angielskim; bardzo dobrze potrafi planować i organizować pracę indywidualną oraz współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role, a także bardzo dobrze wykonuje zadania badawcze zlecone przez prowadzącego.

Kompetencje:
na ocenę 2 (ndst.): Absolwent w ogóle nie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i nie uznaje znaczenia wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin
na ocenę 3 (dst.): Absolwent na poziomie podstawowym jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i wystarczająco uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin
na ocenę 4 (db.): Absolwent na dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i prawidłowo uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin
na ocenę 5 (bdb.): Absolwent na bardzo dobrym poziomie jest gotów do krytycznej oceny posiadanej wiedzy, odbieranych treści i doskonale uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii molekularnej roślin.

Praktyki zawodowe

nie dotyczy

Literatura

Literatura uzupełniająca:
1. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012
2. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT

W cyklu 2021/22_L:

Literatura obowiązkowa:
1. Łatwe drzewa filogenetyczne. B.G. Hall. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa, 2008.
2. Podstawy genetyki populacyjnej. Ed. D.L. Hartl, A.G. Clark. WUW, Warszawa, 2009
3. Bazy danych:
http://www.expasy.org/tools/dna.html
https://www.araport.org/eplant
http://bar.utoronto.ca/eplant
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
Literatura uzupełniająca:
4. Biologia molekularna. Krótkie wykłady. P.C. Turner, A.G. McLennan, A.D. Bates, M.R.H. White. PWN SA, Warszawa, 2012
5. Programy dostępne on-line: np. ClustalW, BioEdit, MEGA, MAFFT

W cyklu 2022/23_L:

W cyklu 2023/24_L:

W cyklu 2024/25_L:

Uwagi

W cyklu 2021/22_L:

Ćwiczenia mają charakter zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem w temat.

W cyklu 2022/23_L:

Ćwiczenia mają charakter zajęć interaktywnych komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.

W cyklu 2023/24_L:

Ćwiczenia mają charakter interaktywnych zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.

W cyklu 2024/25_L:

Ćwiczenia mają charakter interaktywnych zajęć komputerowych, poprzedzonych krótkim wprowadzeniem.

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu WB-BI-EOP-09lab w USOSweb