Podstawy filogenezy WB-BI-EOP-10cw
Korzystanie z baz danych kwasów nukleinowych GenBank. Wyszukiwanie w bazach danych sekwencji w programie Blast. Korzystanie z programu GeneDoc do edycji sekwencji, sprawdzanie chromatogramów w Chromas. Przyrównywanie sekwencji przy użyciu programu Clustal X. Metody budowy drzew filogenetycznych. Program MEGA do badania genetycznych mechanizmów procesów ewolucyjnych. Filogeneza małp człekokształtnych na podstawie sekwencji genów mitochondrialnych (cytB). Metoda parsymonii w filogenetyce. Drzewo filogenetyczne na podstawie sekwencji genu rRNA małej podjednostki rybosomalnej (18SRNA).Ocena wiarygodności drzew filogenetycznych metodą samopróbkowania. Modele ewolucji sekwencji DNA i białek. Obliczanie odległości między sekwencjami (dystanse genetyczne). Program do analiz filogenetycznych Paup. Metoda największej wiarygodności i wybór modelu ewolucji sekwencji DNA programem PartitionFinder. Program MrBayes i bayesowskie podejście do analizy filogenetycznej. Program BEAST i datowanie filogenezy człowieka wraz z rekonstrukcją ewolucji cech morfologicznych człowieka i naczelnych.
Dyscyplina naukowa, do której odnoszą się efekty uczenia się
E-Learning
W cyklu 2021/22_L: E-Learning | W cyklu 2022/23_L: E-Learning | W cyklu 2020/21_L: E-Learning | W cyklu 2019/20_L: E-Learning z podziałem na grupy |
Grupa przedmiotów ogólnouczenianych
Poziom przedmiotu
Symbol/Symbole kierunkowe efektów uczenia się
Typ przedmiotu
W cyklu 2021/22_L: fakultatywny dowolnego wyboru | W cyklu 2022/23_L: fakultatywny dowolnego wyboru | W cyklu 2020/21_L: fakultatywny dowolnego wyboru | W cyklu 2019/20_L: obowiązkowy |
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Wykłady: Efekty przedmiotowe w zakresie wiedzy:
1. Student rozumie podstawowe zjawiska i procesy biologiczne prowadzące do powstania odrębnych gatunków
2. Student ma wiedzę w zakresie najważniejszych problemów z zakresu różnych działów systematyki i fiogenezy oraz zna ich powiązania z innymi dyscyplinami przyrodniczymi
3. Student ma wiedzę w zakresie podstawowych kategorii pojęciowych i terminologii stosowanej w systematyce i filogenezie oraz ma znajomość rozwoju tej dyscypliny oraz stosowanych w niej metod badawczych 4.Student rozumie związki między osiągnięciami systematyki i filogenezy a możliwościami ich wykorzystania w życiu społeczno-gospodarczym z uwzględnieniem zrównoważonego użytkowania różnorodności biologicznej Ćwiczenia: Przedmiotowe efekty kształcenia w zakresie umiejętności:
5. Student stosuje podstawowe techniki i narzędzia badawcze używane podczas tworzenia drzew filogenetycznych
6. Student rozumie literaturę z zakresu systematyki i filogenezy w języku polskim; czyta ze zrozumieniem nieskomplikowane teksty naukowe w języku angielskim
7. Student wykazuje umiejętność poprawnego wnioskowania o pokrewieństwie gatunków na podstawie drzew filogenetycznych tworzonych z różnych źródeł danych
8. Student uczy się samodzielnie w sposób ukierunkowany
9. Student wykazuje potrzebę stałego aktualizowania wiedzy kierunkowej
Opis ECTS dla przedmiotu: 4 ECTS [1 ECTS=30h]
Udział w wykładach: 30 godzin Przygotowanie do egzaminu: 25 godzin
Udział w ćwiczeniach: 30 godzin
Uzupełnianie kart pracy i przygotowanie do kolokwiów: 20 godzin
Udział w konsultacjach: 15 godzin suma: 120 godzin [120/30=4]
Kryteria oceniania
Ćwiczenia: Metody i kryteria oceniania w zakresie umiejętności.
Student w zakresie umiejętności:
- na ocenę 2 (ndst.) –student nie potrafi stosować wybranych metod rekonstrukcji filogenezy, nie rozumie podstawowyche zjawisk i procesów biologicznych wpływających na kształt drzewa filogenetycznego
- na ocenę 3 (dst.) - na dostatecznym poziomie potrafi zastosować wybrane metody rekonstrukcji filogenezy, dostatecznie rozumie podstawowe zjawiska i procesy biologiczne wpływające na kształt drzewa filogenetycznego.
- na ocenę 4 (db.) - na odpowiednim poziomie potrafi stosować wybrane metody rekonstrukcji filogenezy, dostatecznie rozumie podstawowe zjawiska i procesy biologiczne wpływające na kształt drzewa filogenetycznego.
- na ocenę 5 (bdb.) - doskonale potrafi stosować podstawowe metody rekonstrukcji filogenezy, dostatecznie rozumie podstawowe zjawiska i procesy biologiczne wpływające na kształt drzewa filogenetycznego. Metody i kryteria oceniania w zakresie kompetencji społecznych.
Student w zakresie kompetencji społecznych:
- na ocenę 2 (ndst.) nie potrafi krytycznie ocenić posiadanej wiedzy i odbieranych treści, nie uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii, podstaw filogenezy.
- na ocenę 3 (dst.) w sposób dostateczny jest w stanie krytycznie ocenić posiadaną wiedzę i odbierane treści, uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii, podstaw filogenezy.
- na ocenę 4 (db.) na odpowiednim poziomie potrafi krytycznie ocenić posiadaną wiedzę i odbierane treści, uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii, podstaw filogenezy.
- na ocenę 5 (bdb.) na wysokim poziomie potrafi krytycznie ocenić posiadaną wiedzę i odbierane treści, uznaje znaczenie wiedzy w rozwiązywaniu problemów poznawczych i praktycznych z zakresu biologii, podstaw filogenezy.
Zaliczenie na ocenę. - weryfikacja efektów kształcenia poprzez karty pracy sprawdzające nabyte umiejętności oraz z kolokwium końcowego.
Ocena końcowa zależy od punktów z kart pracy oraz kolokwium ; aby uzyskać zaliczenie na 3 (dostateczny) - min. 60% jest wymagane , na 4 (dobry) - min. 75%, na 5 (bardzo dobry) - min. 90%.
Obecność na zajęciach - dwie nieobecności na zajęcia są dopuszczone w semestrze, w szczególnych przypadkach (szpital, specjalne losowe wypadki) można zaakceptować trzy nieobecności. Trzy nieobecności - obniżenie oceny o 0,5, więcej nieobecności - zajęcia niepełne, niezaliczone.
Aktywność i przygotowanie do każdych zajęć (możliwość podniesienia oceny o 0,5).
Literatura
Barry G. Hall. Łatwe drzewa filogenetyczne
Futuyma , Douglas: Evolution , Un - t, 2009
Spalik K., Piwczyński M. 2009. Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych. Kosmos 58 (3-4): 485-498
Uwagi
W cyklu 2021/22_L:
Podstawowa wiedza z zakresu systematyki, zoologii, botaniki. |
W cyklu 2022/23_L:
Podstawowa wiedza z zakresu systematyki, zoologii, botaniki. |
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: